Paolo Guinigi setzte sich stark für die Friedenspolitik der Stadt und die Rückkehr der Verbannten ein. Die Wirtschaft erfuhr einen Aufschwung und das Steuersystem wurde reformiert. Mit großer Vorsicht wurde die Außenpolitik verwaltet, denn Lucca war, gegenüber anderen italienischen regionalen Staaten sehr klein. Die Macht Paolo Guinigis wurde zusätzlich durch seine kombinierten Ehen, wie z. B. die Ehe mit Ilaria del Carretto, gestützt.
Nach dem frühzeitigen Tode seiner Frau ließ er um 1406 den berühmten Sarkophag aus Marmor anfertigen, der sich heute im Dom San Martino befindet. Die Spannungen und Kriege zwischen Venedig und Florenz, die sich aber gegen die mailändische Herrschaft von Philip Maria Visconti verbündeten, wichtigster Verbündete Luccas, führten zu einer Krise, die es den Florentinern 1429 ermöglichte die Stadt zu erorbern. 1430 setzte eine interne Verschwörung Paolo Guinigi ab und verbannte ihn.
Nach der Wiederherstellung der Republik erlangte Lucca 1438 den Frieden mit Florenz, unterstützt durch die militärische Hilfe der Visconti. Die territoriale Lage war aber kompromittiert: das Berggebiet Garfagnana war von der Este-Familie besetzt worden, Barga Fiorentina und Pietrasanta zunächst von den Genuesen, dann von den Florentinern. Die kleine Republik, die sich nunmehr auf einen Stadtstaat reduziert hatte, erreichte ihren Wohlstand erst wieder in der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts dank dem internationalen Handel mit wertvollen Seidenstoffen, die in Lucca produziert wurden. Die Seidenindustrie geriet im 16. Jahrhundert in Krise, als die Konkurrenz mit anderen europäischen Produktionszentren zu einer Überproduktion führte und die Revolte der Seidenweber hervorrief.
Durch die Handelskontakte mit dem Norden Europas, gelangte die protestantische Reformation auch nach Lucca: die Gegenwart von “Häretikern” in fast allen wichtigen lucchesischen Familien wurde toleriert und minimisiert. Die Angst aber vor einem Florentinischen vom Papst gesegneten Kreuzzug trieb die Bürger zu einem freiwilligen Exil nach Genf und zu anderen Städten im Norden. Die Republik Lucca zeigte sich entschieden im Erhalt seiner Rechtsform ohne sich der Interferenz der Kirche und folglich der Einrichtung der Inquisition anpassen zu wollen.
Es kam zur Abwanderung von Kapital und Arbeitskräften und zur kulturellen Verarmung der Stadt. Mit der Reform des Gonfaloniere Martino Bernardini waren die öffentlichen Ämter nur für Familien mit älterer Herkunft zugänglich, als Zeichen der oligarchischen Prägung der Republik Lucca. Im Übergangszeitraum zwischen dem 14. und 15. Jahrhundert wurden die meisten Palazzi der städtischen Aristokratie nach den damaligen zeitgenössischen architektonischen Tendenzen der Toskana renoviert. Die unbenutzten mittelalterlichen Türme wurden abgebaut und dezimiert. Trotz dieser Änderungen blieb das Volumen des Grundrisses und der Lagerungen erhalten.
